Theo truyền thuyết, xã Kim Lan được cho là đã tồn tại từ thời Hùng Vương thứ 18, và trước đây gồm 15 xóm có tên là Và, Dụ, Triền, Bến, Mả, Cuối, Chợ, Dìa, Bệ, Gồ, Đình, Cóng lái (léo), Cái ngang (Lựa), Bông lau và Đầu Cổng.
Theo tài liệu Ngọc phả của Nguyễn Bính trong thời Lê (1428-1527), và được soạn thảo bởi các sỹ phụng của Viện hàn Lâm Đông, tên gọi Kim Lan đã có từ thời Tiền Lý. Tuy nhiên, trong thời kỳ Pháp Thuộc, những người có tên ghi ở Kim Lan đều bị bắt, đánh đập, chém và giết, do đó, Kim Lan đã đổi tên thành Kim Quan, thuộc tổng Xuân Quan, huyện Văn Giang. Năm 1958, thể theo nguyện vọng của nhân dân và văn bản xã đề nghị, Thủ tướng Chính Phủ phê chuẩn xã được mang tên cổ Kim Lan và thuộc huyện Gia Lâm.
Kim Lan là một xã có lịch sử yêu nước và cách mạng. Trong thời kỳ thuộc Pháp, từ năm 1936, trên địa bàn xã đã hình thành nhiều tổ chức hội như "Hội Tương tế" và "Hội Hiếu hỷ" với mục đích bài trừ hủ tục và giúp đỡ nhau. Nhờ vào hoạt động mạnh mẽ của các hội này, nhân dân Kim Lan đã chiến thắng trong việc đấu tranh không trồng đay và tiếp tục trồng ngô, cây lương thực trên đất của mình. Vào năm 1945, cùng với tình hình cách mạng trong cả nước, nhân dân Kim Lan đã ủng hộ Đảng và chiến đấu giành quyền lực chính quyền.
Trong 9 năm trường kỳ kháng chiến và hơn 20 năm chống giặc Mỹ xâm lược, xã Kim Lan đã có nhiều đóng góp sức người, sức của cho sự nghiệp giải phóng dân tộc. Nhờ sự nỗ lực không ngừng của nhân dân, xã Kim Lan đã cống hiến hàng ngàn tấn lương thực, thực phẩm cho tiền tuyến và huy động hàng ngàn công lao động để khắc phục hậu quả chiến tranh. Họ cũng đã đưa 406 người con lên đường nhập ngũ, trong đó có 57 người đã hy sinh anh dũng, và chăm sóc hàng chục người thương, bệnh binh. Ngoài ra, nhân dân Kim Lan còn phối hợp với công binh đào phá 20 quả bom từ trường, giúp đỡ hàng ngàn học sinh và nhiều doanh nghiệp về địa phương sơ tán và học tập.
Xem chi tiết